Stage - Mise en place d'un outil de valorisation des données du laboratoire d'hydrobiologie H/F

Information générale

Positionnement hiérarchique : Sous l’autorité de la cheffe de laboratoire.

Conditions d’emploi : Stage de 06 mois à pourvoir pour l’obtention d'un MASTER 2 (niveau de diplôme visé).

Créé le 1er janvier 2020, l’Office français de la biodiversité (OFB) est un établissement public administratif dédié à la sauvegarde de la biodiversité sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture. Doté d’un budget de 492 millions d’euros (budget initial 2022), il s’appuie sur l’expertise de près de 3 000 agents, dont une grande partie agit sur le terrain avec, notamment, 1 700 inspecteurs de l’environnement.

L’établissement est au cœur de l’action pour la préservation du vivant dans les milieux aquatiques, terrestres et marins, tant en métropole que dans les Outre-mer. Les équipes interviennent chaque jour pour lutter contre l’érosion de la biodiversité face aux pressions exercées par la destruction et la fragmentation des milieux naturels, les multiples pollutions, la surexploitation des ressources naturelles, les conséquences du changement climatique, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes.

A ce titre, l’OFB est responsable de 5 missions complémentaires :

la police de l’environnement et la police sanitaire de la faune sauvage
la connaissance, la recherche et l’expertise sur les espèces, les milieux et leurs usages
l’appui à la mise en œuvre des politiques publiques
la gestion et l’appui aux gestionnaires d’espaces naturels
l’appui aux acteurs et la mobilisation de la société

La direction régionale Normandie de l’OFB comprend :

4 services régionaux : service administratif, service connaissance, service police, service appui aux acteurs et mobilisation des territoires,
Une délégation de façade maritime Manche – Mer du Nord,
Une unité spécialisée migrateurs amphihalins,
5 services départementaux.

Elle est implantée sur 13 sites et regroupe une centaine d’agents.

Mission

En tant qu'opérateur de la production de données sur l'état des ressources en eau et des milieux aquatiques, notamment dans le cadre de la mise en œuvre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), l'OFB intervient en métropole dans le champ de l’hydrobiologie. Il met en œuvre annuellement les protocoles alimentant la production de bioindicateurs sur les compartiments poissons, macro-invertébrés, diatomées et macrophytes. Des prestataires, pour lesquels l’OFB valide les livrables techniques, y concourent également. Les données ainsi produites contribuent à réaliser l’évaluation de l’état des masses d’eau tous les 6 ans par les bassins (Seine Normandie et Loire Bretagne pour la région Normandie).

Dans le cadre de la DCE, des réseaux ont été initiés depuis la seconde moitié des années 2000. Certaines stations, suivies historiquement à d’autres titres, bénéficient également de chroniques antérieures. Les fréquences de suivi dépendent des paramètres suivis et des réseaux.

Ce stage aura pour objectif principal le développement d’un outil de visualisation des données produites dans le cadre de la DCE pour faciliter leur utilisation dans les missions du laboratoire en respectant les principes de reproductibilité et d’ouverture du code.

Activités principales

Réaliser une revue des besoins en visualisation de données hydrobiologiques du laboratoire de la DR Normandie, ainsi qu’un état des lieux des outils déjà existants dans les différents laboratoires OFB à l’échelle nationale.
Rassembler et appréhender les données et informations utiles disponibles au sein de l’OFB, des Agences de l’Eau et du portail EauFrance pour leur utilisation dans le futur outil.
Proposer un plan de développement de l’outil de visualisation des données et le développer en lien avec les techniciens hydrobiologistes et la cheffe du laboratoire.
Rédiger une notice d’utilisation et de mise à jour des données.

Ce travail s’effectuera sous la direction du Service régional connaissance ; l’encadrement sera assuré par la cheffe du laboratoire d’hydrobiologie.

Compétences et qualités requises

Connaissances :

Connaissances avancées du langage R,
Des connaissances en analyses de données utilisées en écologie seraient un plus.

Savoir-faire opérationnel :

Maîtriser le logiciel R (Shiny, Rmarkdown, ggplot2…),
Connaître le SIG et les outils de traitement de données géoréférencées (QGis),
Avoir une bonne qualité rédactionnelle.

Savoir-être professionnel :

Curiosité,
Force de proposition et esprit d’initiative,
Autonomie et sens de l’organisation,
Rigueur et méthode,
Bon sens de la communication.

Diplômes – Formation – Expérience :

Bac +5 (université, école d’ingénieur) avec spécialité en lien avec le stage : (bio-) informatique ; sciences des données ; géomatique spécialisée en système d’informatique géographique, écologie avec un axe majeur sur le traitement de la donnée.

Autres :

Permis B,
Des profils atypiques pourront également être considérés dès lors que des compétences en matière d’ingénierie de la donnée sont présentes.

Conditions d'exercice / sujétions particulières

Stage basé à Rouen (76).
Déplacements ponctuels.
Début de stage envisagé : 01/03/2025 (flexible).

Dépôt de candidature

Pour déposer une candidature, les documents suivants vous seront demandés :

CV
Lettre de motivation