Office français de la biodiversité

Stage - " Comptage Poisson par Vidéo360/IA : une méthode d'analyse de l'effet réserve " H/F

Référence : 2024/3110
Affectation : Direction des outre-mer
Résidence administrative : Martinique
Poste à pourvoir le : 01/02/2025
Date limite de candidature : 11/01/2025

Information générale

Positionnement hiérarchiqueSous l’autorité hiérarchique de la directrice déléguée du Parc naturel marin de Martinique.

Conditions d’emploi : Stage de 06 mois à pourvoir pour l’obtention d'un MASTER 2 (niveau de diplôme visé).

Créé le 1er janvier 2020, l’Office français de la biodiversité (OFB) est un établissement public administratif dédié à la sauvegarde de la biodiversité sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture. Doté d’un budget de 492 millions d’euros (budget initial 2022), il s’appuie sur l’expertise de près de 3 000 agents, dont une grande partie agit sur le terrain avec, notamment, 1 700 inspecteurs de l’environnement. 

L’établissement est au cœur de l’action pour la préservation du vivant dans les milieux aquatiques, terrestres et marins, tant en métropole que dans les Outre-mer. Les équipes interviennent chaque jour pour lutter contre l’érosion de la biodiversité face aux pressions exercées par la destruction et la fragmentation des milieux naturels, les multiples pollutions, la surexploitation des ressources naturelles, les conséquences du changement climatique, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes.

 A ce titre, l’OFB est responsable de 5 missions complémentaires :

  • la police de l’environnement et la police sanitaire de la faune sauvage
  • la connaissance, la recherche et l’expertise sur les espèces, les milieux et leurs usages
  • l’appui à la mise en œuvre des politiques publiques
  • la gestion et l’appui aux gestionnaires d’espaces naturels
  • l’appui aux acteurs et la mobilisation de la société

Situé dans le bassin caribéen, le Parc naturel marin de Martinique est le dernier né des Parcs naturels marins et le second plus grand. Il couvre une surface de 48 900 km². Il comprend ainsi toute la ZEE et tout le linéaire côtier de l’ile. Il est bordé par les eaux de Sainte-Lucie, de la Dominique, du Venezuela et de la Barbade ; et a pour objectif de contribuer à la connaissance du patrimoine marin ainsi qu’à la protection et au développement durable du milieu. Le Parc est constitué d'une équipe de personnels de l'Office français de la Biodiversité (OFB) et d'un Conseil de gestion, assemblée de 53 membres. L'équipe du Parc sera organisée avec une direction (1 directeur et 1 adjoint) et deux pôles : le pôle « Ingénierie » (renforcement programmé à partir de 2021) et le pôle « Opérations » (mise en place fin 2020/2021). Le Parc fait partie de la Direction des Outre-Mer et collabore étroitement avec le sanctuaire AGOA, aire marine protégée des Antilles françaises pour la conservation des mammifères marins. Il fonctionne en réseau (animé par la Direction des aires protégées) avec les sept autres Parcs naturels marins.

Les actions conduites par l’équipe du Parc naturel marin de Martinique reposent sur les axes suivants :

  • Un lien Terre/Mer renforcé grâce à une articulation efficace du Parc avec les autres acteurs du territoire et de la Caraïbe ; 
  • Les actions de prévention, de surveillance, de contrôle et de police renforcées en mer ;
  • L’acquisition de données et le développement des suivis scientifiques pour contrôler la dynamique des populations et connaître l’évolution de l’état de santé des habitats ;
  • Les actions de sensibilisation et de mobilisation du grand public, des usagers et des professionnels ; 
  • L’innovation en termes de gestion des mouillages, de prévention des pollutions et de développement de bonnes pratiques en mer. 

Le Parc naturel marin accueille une doctorante depuis octobre 2023 qui coordonne le projet européen TRACE – « Étude de l’effet réserve engendré par l’arrêt des activités extractives dans les zones chlordécones ». Cette étude se propose de répondre à la question de l’effectivité des zones d’interdiction de pêche sur la ressource en évaluant l’effet réserve engendré par l’arrêt des activités extractives dans les zones côtières contaminées par la chlordécone ou zones « chlordécone ». C’est 33% du linéaire côtier qui est aujourd’hui interdit à la pêche et ces espaces interdits ne font pas encore l’objet de suivis scientifiques. La mise en œuvre d’une politique efficace de protection du milieu marin se heurte à cette situation mal vécue par les professionnels de pêche. La pérennisation de la production locale issue de la pêche passe impérativement par une gestion durable des stocks ; et de facto par de nouvelles connaissances en zones « chlordécone ».

Ce travail de recherche comprend un volet sur l’évaluation de la biodiversité marine dans ces à l’aide de caméras 360° déployées in situ. L’objectif principal est de mettre en évidence l’effet réserve en quantifiant des indicateurs clés tels que la richesse spécifique, la densité des populations, la diversité écologique et la biomasse des espèces observées dans les zones suivies. Pour cela, un comptage manuelle strict des individus sur les vidéos est nécessaire. Ce comptage sera réalisé selon la méthode du MeanCount, qui consiste à calculer une moyenne des observations à partir des différentes séquences vidéo pour garantir la représentativité des données. Les travaux du stagiaire serviront de base à la création d’un outil d’intelligence artificielle (IA) pour le comptage et l’identification automatisé des espèces marines tropicales. Les résultats obtenus feront l’objet d’une publication scientifique.

Mission

Le(a) stagiaire sera accueilli dans les locaux du Parc naturel marin de Martinique, et placé sous la responsabilité de la Doctorante et Coordinatrice du projet TRACE. Ses travaux seront co-encadrés par le Parc naturel marin et le Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditerranées (CEFREM) en la personne de la doctorante et par le Dauphin Island Sea Lab (DISL) de l’Université d’Alabama, avec qui de nombreux échanges sur la méthodologie sont à prévoir.

Le(a) stagiaire assistera la doctorante sur la collecte et l’analyse de données et aura la charge de réaliser l’analyse des données vidéos collectées sur la première campagne d’octobre 2024 et d’initier celle d’avril 2025. Une prise en main des logiciels de traitement sera nécessaire. Pour cela, le(a) stagiaire recevra une mini-formation en début de stage afin d’être autonome sur le traitement d’images préalable nécessaire à l’analyse des vidéos. 

Le(a) stagiaire aura également la mission de constituer un atlas et une banque de données d’images avec des prises de vues des différentes espèces ciblées par l’étude à l’aide de logiciel d’IA, qui servira de base pour l’outil d’identification automatisé. Une première analyse descriptive des résultats sous R sera attendue afin de mettre en lumière les indicateurs de l’effet réserve. 

Le(a) stagiaire accompagnera le travail de rédaction d’une publication scientifique sur ces travaux.

Activités principales

  • Bibliographie, 
  • Analyse vidéo, 
  • Déploiement du protocole, 
  • Traitement des données collectées sous R,
  • Rédaction de rapport, article scientifique,
  • Présentation orale.

Relations liées au poste

Relations internes :

  • Chargé de projet « suivis scientifiques »,
  • Agents du Service Opération ,
  • Chargée de mission « patrimoine naturel »,
  • Chargée de mission « pêche et aquaculture durable »,

Relations externes :

  • Prestataire support nautique « Histoire d’air »,
  • Comité régional des pêches,
  • IFREMER,
  • université des Antilles,
  • Muséum nation d’histoire naturel de Paris.

Compétences et qualités requises

Connaissances :

  • Connaissances de base en biologie marine tropicale et identification d’espèces,
  • Bonne maîtrise de logiciels statistiques (notamment R, RStudio, Excel),
  • Collecte de données et bancarisassions,
  • Notions sur l’écologie des récifs coralliens et des aires marines protégées,
  • Expérience dans le monde de la recherche serait un plus.

Savoir-faire opérationnel :

  • Avoir une aptitude au travail sur le terrain en mer.

Savoir-être professionnel :

  • Autonomie, bon relationnel,
  • Bonne capacité d’anticipation et d’organisation,
  • Aptitude à assimiler de nouvelles compétences rapidement,
  • Capacité d’analyse et de synthèse.

Diplômes – Formation – Expérience :

  • Formation niveau minimum Bac+ 5 en Biodiversité, Écologie, Évolution ou parcours similaire.

Conditions d'exercice / sujétions particulières

  • Poste basé dans les locaux du Parc naturel marin de Martinique, 1 Rue des Pionniers TEXACO Fort-de-France 97200.
  • Prise de poste souhaitée Février 2025.

Dépôt de candidature

Pour déposer une candidature, les documents suivants vous seront demandés :

  • CV
  • Lettre de motivation
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