Analyse des réponses biologiques au regard de la qualité des cours d'eau bretons H/F

Information générale

Positionnement hiérarchique : Sous l’autorité de Yves-Marie Heno, Chef de service connaissance adjoint ; Thibault Vigneron, Chef de service connaissance.

Conditions d’emploi : Stage de 6 mois à pourvoir pour l’obtention Master 2 (niveau de diplôme visé).

Créé le 1er janvier 2020, l’Office français de la biodiversité (OFB) est un établissement public administratif dédié à la sauvegarde de la biodiversité sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture. Doté d’un budget de 492 millions d’euros (budget initial 2022), il s’appuie sur l’expertise de près de 3 000 agents, dont une grande partie agit sur le terrain avec, notamment, 1 700 inspecteurs de l’environnement.

L’établissement est au cœur de l’action pour la préservation du vivant dans les milieux aquatiques, terrestres et marins, tant en métropole que dans les Outre-mer. Les équipes interviennent chaque jour pour lutter contre l’érosion de la biodiversité face aux pressions exercées par la destruction et la fragmentation des milieux naturels, les multiples pollutions, la surexploitation des ressources naturelles, les conséquences du changement climatique, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes.

A ce titre, l’OFB est responsable de 5 missions complémentaires :

la police de l’environnement et la police sanitaire de la faune sauvage
la connaissance, la recherche et l’expertise sur les espèces, les milieux et leurs usages
l’appui à la mise en œuvre des politiques publiques
la gestion et l’appui aux gestionnaires d’espaces naturels
l’appui aux acteurs et la mobilisation de la société

Le réseau hydrographique breton est constitué d’une multitude de fleuves côtiers. Les principaux font l’objet d’une surveillance en particulier au titre de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau en particulier en hydrobiologie. Le laboratoire d’hydrobiologie de l’OFB en Bretagne a déjà produit des analyses ponctuelles caractérisant l’impact d’un rejet, de l’effacement d’un barrage, … mais n’a pas la vision macroscopique à l’échelle de la région.

Mission

Ce stage a pour objet l’analyse des réponses des communautés de macro invertébrés aquatiques et de diatomées de Bretagne aux pressions de la qualité de l’eau.

Activités principales

Utiliser les jeux de données proposés pour effectuer des analyses des listes biologiques en fonction des pressions de qualité d'eau identifiées dans le cadre du calcul de l'état des eaux (Directive Cadre sur l'Eau DCE).
Les données utilisées seront issues du réseau de stations de la DCE.

Contenu du stage :

Affiner le périmètre de l’étude : choix des stations ayant des données biologiques disponibles (macro invertébrés et diatomées) pour la période de 2008 à 2023 (Réseaux DCE RCS et RCO) ;
Analyser les réponses biologiques aux pressions sur la qualité d’eau (notamment nutriments et matières organiques) à différentes échelles : indice invertébrés multimétrique (I2M2), indice biologique diatomées (IBD), métriques issues de l’I2M2 et de son outil diagnostic associé, variabilités taxonomiques ;
Ces premiers éléments permettront d’affiner territorialement les diagnostics écologiques émis par la surveillance de la DCE, et émettre des hypothèses sur l’expression des pressions en nutriments au sein de l’écologie des cours d’eau bretons et les confronter aux pressions identifiées lors de l’état des lieux DCE, en s’aidant les hypothèses formulées lors d’études précédentes ([2], [3], [4]). D’autres études pourront également être mobilisées ;
D’autres éléments devront être mobilisés en fonction de l’avancée du stage : morphologie, taille du bassin versant, autres analyses physico chimiques et pesticides.

L’OFB dispose à cet effet de plusieurs jeux de données :

Des échantillonnages pluri-annuels des macro invertébrés et diatomées sur un réseau de stations en rivière (réseau DCE) ;
Le réseau hydrographique et la délimitation des bassins versants ;
Des analyses physico chimiques sur le même réseau de stations que pour l’hydrobiologie ;
L’ensemble des analyses et documents produits durant le stage respectera les principes de reproductibilité et d’ouverture du code comme des données [1].

Bibliographie :

[1]. Wilkinson MD, Dumontier M, Aalbersberg IjJ, et al. 2016. The FAIR guiding principles for scientific data management and stewardship. Sci Data 3: 160018.
[2]. Carayon et al. 2019 Defining a new autoecological trait matrix for French stream benthic diatoms, Ecological Indicators 103 650–658.
[3]. J. Tison-Rosebery 2022 Decadal biodiversity trends in rivers reveal recent community rearrangements 823 153431.
[4]. Floriane Larras 2017 Assessing anthropogenic pressures on streams: A random forest approach based on benthic diatom communities Science of the Total Environment 586, 1101-1112.

Relations liées au poste

Relations internes :

Direction Régionale Bretagne – laboratoire d’hydrobiologie du service connaissance - DRAS OFB.

Relations externes :

Réseau des laboratoires OFB.

Compétences et qualités requises

Connaissances :

Statistiques et modélisation ;
Écologie aquatique ;
Utilisation du logiciel R ;
Dynamique de population ;
Utilisation de forge logicielle (ex : Github).

Savoir-faire opérationnel :

Faire preuve de curiosité et d'ouverture d'esprit ;
Avoir le sens de l’initiative ;
Faire preuve de créativité ;
Agir avec rigueur et organisation.

Savoir-être professionnel :

Curiosité, ouverture d’esprit ;
Sens de l’initiative ;
Créativité ;
Rigueur et organisation.

Diplômes – Formation – Expérience :

Niveau bac +5 / Master / Ingénieur / Césure.

Conditions d'exercice / sujétions particulières

Poste basé à Cesson-Sévigné (35), travail de bureau à la direction régionale de l’OFB ou en télétravail. Déplacements sur des opérations de prélèvements hydrobiologiques en région Bretagne.

Dépôt de candidature

Pour déposer une candidature, les documents suivants vous seront demandés :

CV
Lettre de motivation
Pour les fonctionnaires uniquement : dernier arrêté de situation administrative ;
Pour les non titulaires : diplôme le plus élevé obtenu