Office français de la biodiversité

STAGE- Comparaison de la diversité génétique et diversité de proies des félins H/F

Référence : 2023/1760
Affectation : Direction des outre-mer
Résidence administrative : Kourou (973)
Poste à pourvoir le : 01/01/2024
Date limite de candidature : 14/12/2023

Information générale

Positionnement hiérarchique : Sous l’autorité de la cheffe de l’unité Technique ”Connaissance” Guyane

Conditions d’emploi : Stage de 6 mois à pourvoir pour l’obtention d'un BAC + 5 (niveau de diplôme visé)

Créé le 1er janvier 2020, l’Office français de la biodiversité (OFB) est un établissement public administratif dédié à la sauvegarde de la biodiversité sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture. Doté d’un budget de 492 millions d’euros (budget initial 2022), il s’appuie sur l’expertise de près de 3 000 agents, dont une grande partie agit sur le terrain avec, notamment, 1 700 inspecteurs de l’environnement. 

L’établissement est au cœur de l’action pour la préservation du vivant dans les milieux aquatiques, terrestres et marins, tant en métropole que dans les Outre-mer. Les équipes interviennent chaque jour pour lutter contre l’érosion de la biodiversité face aux pressions exercées par la destruction et la fragmentation des milieux naturels, les multiples pollutions, la surexploitation des ressources naturelles, les conséquences du changement climatique, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes.

 A ce titre, l’OFB est responsable de 5 missions complémentaires :

  • la police de l’environnement et la police sanitaire de la faune sauvage
  • la connaissance, la recherche et l’expertise sur les espèces, les milieux et leurs usages
  • l’appui à la mise en œuvre des politiques publiques
  • la gestion et l’appui aux gestionnaires d’espaces naturels
  • l’appui aux acteurs et la mobilisation de la société

L’unité technique “connaissance” de l’Office Français de la Biodiversité (OFB) en Guyane conduit plusieurs projets d’études sur la grande faune pour améliorer la gestion des espèces chassables ou à fort enjeux de conservation. 

Pour cela, elle intervient sur différents sites d’études répartis sur le territoire guyanais dans le cadre des différents partenariats établis dont le Centre spatial guyanais (CSG) à Kourou ou les Réserves Nationales du Mont-Grand Matoury et des Nouragues. Les études menées actuellement portent sur la biologie et l’écologie d’espèces telles que le hocco (Hocco alector (Mazama americana) et les félins telles que le jaguar (Panthera onca), le puma (Puma concolor) et l’ocelot (Leopardus pardalis). 

Les grands félins sont les plus grands prédateurs terrestres de la zone néotropicale où ils jouent un rôle crucial dans la régulation et l’équilibre des écosystèmes. Ils sont aujourd’hui menacés par la perte et la fragmentation de leur habitat qui entraîne la diminution des proies naturelles disponibles. Même si la Guyane française conserve un couvert forestier relativement bien préservé par rapport à ses pays voisins, notamment le Brésil, le territoire connaît une croissance exponentielle de son nombre d’habitants, synonyme de l‘augmentation des besoins en surface habitable et exploitable. Le littoral est une zone particulièrement fréquentée qui a subi d’importantes modifications et où les grands félins, tels que les jaguars et les pumas, se retrouvent en contact direct avec les habitations et les exploitations agricoles entrainant des attaques devenues fréquentes sur les animaux domestiques. 

Pour évaluer la taille de le domaine vital des félins et leur utilisation des différents types d’habitats, l’OFB combine des méthodes d’observation directe (affût), des pièges photographiques et l'équipement des animaux de colliers satellites et d’émetteurs; En complément, l’OFB en partenariat avec l’INRAE cherche à développer des outils non-invasifs d’analyse de leur diversité génétique et de leur comportement alimentaire pour étudier leur réponse aux variations de condition environnementale (dégradation et fragmentation de l’habitat, urbanisation). L’enjeu est d'évaluer si les développements récents de méthodes d’analyse d’ADN (génotypage par séquençage, métabarcoding ADN dans les matières fécales et de techniques de séquençage haut-débit) permet d’obtenir de façon plus efficace et plus précis des informations sur l’écologie et la santé des populations de félins. Une première étude de génotypage de microsatellites par une approche classique (Sanger) a été réalisée en 2021 à partir de fèces de félins collectés au sein d’un site afin d’évaluer leur diversité génétique et leurs liens de parenté. Une première analyse de metabarcoding ADN a permis également de révéler la diversité de leurs proies. Des nouvelles collections de fèces ont été faites sur plusieurs autres sites en Guyane, et les analyses de génotypage et metabarcoding sont en cours. 

 

 

Mission

  1. Analyse de données de génotypage à haut débit (SSR-seq) afin d’évaluer la diversité génétique des félins à partir de fèces échantillonnées le long du littoral guyanais (données déjà en cours de production)
  2. Analyse de données métabarcoding pour comparer le régime alimentaire des félins à l’intérieur de zones protégées (e.g. CSG) avec des zones agricoles adjacentes (données déjà en cours de production)
  3. Aider dans l’échantillonnage de nouvelles fèces de félins sur le terrain
  4. Aider dans l’extraction d’ADN de fèces de félins

Activités principales

Au cours du stage, il s’agira de : 

  • Faire de la bibliographie sur les études, notamment génétiques, réalisées sur les félins dans les pays sud-américains ainsi que sur les méthodes qui seront utilisées.
  • Analyser les données de génotypage et metabarcoding (analyses bioinformatiques principalement avec Linux et R) et des logiciels spécialisés de données génétiques (validations des données, parenté entre individus, structuration des populations, marquage-recapture…). Un intérêt pour l’analyse des données d’écologie moléculaire et des bonnes compétences en bioinformatique sont essentielles. 
  • Comparer les données avec celles déjà existantes issues de méthode de génotypage « simple »
  • Analyser des données de régime alimentaire déjà existantes et comparaison des régimes alimentaires des différentes espèces de félins au CSG, des sexes, et des différents individus. 
  • Discuter les résultats obtenus et les possibilités d’application de cette méthode sur l’ensemble de la Guyane.

Activités secondaires : 

  • Accompagner ponctuellement l’équipe OFB sur le terrain dans des campagnes de prospection et échantillonnage de fèces dans plusieurs zones du littoral guyanais. Le stagiaire devra avoir une bonne condition physique. 
  • Réaliser les manipulations en laboratoire : extraction d’ADN. Pour cela, le/la stagiaire sera encadré et accompagné par une technicienne de laboratoire et un chercheur de l’INRAE.

Ce stage sera co-encadré par l’OFB et l’INRAE. Les manipulations génétiques se dérouleront au laboratoire de génétique écologique de l’INRAE situé sur le campus agronomique de Kourou au sein de l’Unité Mixte de Recherche ECOFOG où se situent également les bureaux des deux organismes.

Relations liées au poste

Relations internes :

  • Il sera co-encadré par la responsable de l’Unité Technique “Connaissance”(UTC) de l’OFB et un chercheur de l’INRAE et responsable du Laboratoire de génétique écologique et génomique basé à kourou. Il travaillera avec le chargé d’études et analyses de données faune de l’UTC  et la technicienne du laboratoire de l’INRAE également basées à Kourou.
  • Le stagiaire sera en relations avec d’autres membres de l’Unité Technique et Connaissance (UTC) à Cayenne, avec des agents de la Direction de la Recherche et de l’Appui Scientifique (DRAS), le Service départemental Guyane (SD) de l’OFB.

Relations externes :

  • UMR Ecofog (CIRAD, CNES, AgroParisTech, …)
  • UMR DECOD 
  • UMR CBGP
  • UMR BIOGECO

Compétences et qualités requises

Connaissances :

  • Notions de linux et analyses bioinformatiques (metabarcoding)
  • Connaissance théorique en génétique des populations
  • Goût pour l’analyse de données et programmation
  • Goût pour le travail de laboratoire
  • Connaissance sur les milieux tropicaux appréciée

Savoir-faire opérationnel :

  • Rédiger
  • Analyser

Savoir-être professionnel :

  • Rigueur (travail de laboratoire)
  • Capacité d’esprit d’initiative
  • Aptitude au travail en équipe (sur le terrain)
  • Capacité d’écoute, d’échange et de réactivité

Diplômes – Formation – Expérience :

  • Titulaire d’un diplôme bac+4 ou bac+5 en Ecologie/ Evolution/Bioinformatique
  • Formation ou spécialisation aux techniques de laboratoire

Autres :

  • Anglais : lecture de publications scientifiques
  • Bonne condition physique

Conditions d'exercice / sujétions particulières

  • Indemnité de stage selon la réglementation en vigueur. 
  • Stage basé à l’unité technique “connaissance” de l’OFB au sein de l’UMR EcoFoG à Kourou.
  • Possibilité de logement sur le campus agronomique à Kourou (loyer à la charge de l’étudiant).

Dépôt de candidature

Pour déposer une candidature, les documents suivants vous seront demandés :

  • CV
  • Lettre de motivation
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