Positionnement hiérarchique : Sous l’autorité du Chef du service Fonctionnement, préservation et restauration des écosystèmes aquatiques continentaux et marins
Conditions d’emploi : Stage de 5 à 6 mois à pourvoir pour l’obtention Master (niveau de diplôme visé)
Créé le 1er janvier 2020, l’Office français de la biodiversité (OFB) est un établissement public administratif dédié à la sauvegarde de la biodiversité sous la tutelle des ministres chargés de l’environnement et de l’agriculture. Doté d’un budget de 492 millions d’euros (budget initial 2022), il s’appuie sur l’expertise de près de 3 000 agents, dont une grande partie agit sur le terrain avec, notamment, 1 700 inspecteurs de l’environnement.
L’établissement est au cœur de l’action pour la préservation du vivant dans les milieux aquatiques, terrestres et marins, tant en métropole que dans les Outre-mer. Les équipes interviennent chaque jour pour lutter contre l’érosion de la biodiversité face aux pressions exercées par la destruction et la fragmentation des milieux naturels, les multiples pollutions, la surexploitation des ressources naturelles, les conséquences du changement climatique, l’introduction d’espèces exotiques envahissantes.
A ce titre, l’OFB est responsable de 5 missions complémentaires :
La Direction de la Recherche et de l’Appui Scientifique (DRAS) est l’une des deux directions « connaissance » de l’OFB, en charge de la recherche et de l’expertise sur les espèces, sur les milieux, leurs fonctionnalités et leurs usages, ainsi que sur les risques sanitaires en lien avec la faune sauvage. Elle est composée de cinq services :
- Service conservation et gestion durable des espèces exploitées ;
- Service conservation et gestion des espèces à enjeux particuliers ;
- Service biodiversité et agriculture, Santé animale ;
- Service activités humaines, fonctionnement et préservation des écosystèmes terrestres ;
- Service fonctionnement, préservation et restauration des écosystèmes aquatiques continentaux et marins.
Ce dernier service est en charge entre autre du développement scientifique des outils nécessaires à la mise en œuvre des politiques publiques (DCE, DHFF, DCSMM…) de protection et de restauration de la biodiversité des milieux aquatiques, en métropole comme dans les territoires ultramarins. Il effectue des recherches en propre, en coopération avec, ou en mobilisant d’autres opérateurs de recherche publics ou privés.
Les méthodes de bioindication en cours d’eau et en plan d’eau utilisant les diatomées sont traditionnellement basées sur l’identification et le dénombrement des taxons en microscopie optique. Cela implique le traitement des échantillons avec différents réactifs et leur préparation pour observation. Depuis quelques années, des méthodes basées sur l’ADN environnemental (ADNe) sont développées comme le métabarcoding. Les procédures d’acquisition de l’information génétique jusqu’à la production d’inventaires taxonomiques sont aujourd’hui relativement stabilisées. Tout comme pour les méthodes traditionnelles, certaines étapes utilisent des réactifs et des consommables, mais semble-t-il en quantités plus importantes. Viennent s’ajouter les traitements bio-informatiques nécessaires au traitement de l’information génétique pour l’établissement des listes de taxons nécessaires pour calculer les indices de qualité du milieu. Si les méthodes basées sur l’ADNe apportent des avantages indéniables, très peu d’études à ce jour se sont focalisées sur l’empreinte environnementale de ces méthodes et sur les possibilités de les optimiser dans le but de réduire cet impact. Il est nécessaire que les acteurs en charge de la mise en œuvre opérationnelle de ces méthodes disposent de cette information.
Les objectifs du stage seront : 1/ d’établir le bilan environnemental (bilan carbone, nature et quantité des déchets…) des deux approches (microscopie et métabarcoding ADNe) ; 2/ de comparer les différents protocoles et de réfléchir aux optimisations possibles pour les rendre moins impactants pour l’environnement.
Etablir le bilan environnemental des méthodes classiques et génétiques d’identification/dénombrement des diatomées :
- pour un nombre d’échantillons donné (différents scenarios possibles par rapport aux pratiques actuelles de suivi et par rapport aux évolutions qu’elles pourraient connaitre), quantifier les consommations en réactifs, consommables, électricité, etc. des différentes méthodes (méthode classique et ses différents protocoles, méthode génétique et ses différents protocoles),
- établir un bilan (incluant par exemple le recyclage des consommables…) pour chacune des étapes clés des deux méthodes (échantillonnage, analyse en laboratoire, etc) et sa traduction en termes d’équivalent carbone.
- le coût « social » des différentes approches pourra également être pris en compte.
Sur cette base, comparer les méthodes et proposer des pistes d’amélioration des protocoles :
- sur la base du bilan effectué précédemment, comparer les différents protocoles entre eux et envisager les solutions pratiques et techniques qui permettraient de réduire leur impact,
- réaliser un document technique, voir une publication scientifique, afin d’aider les gestionnaires à appréhender l’impact environnemental des différentes technologies et aider les chercheurs et opérateurs à optimiser leurs protocoles.
Evaluer le coût économique des différentes options retenues et l’impact ou le gain financier obtenu par rapport aux méthodes non-optimisées.
Relations internes :
Chercheurs et chargés de mission de l’OFB en charge des questions de bioindication et d’ADNe.
Relations externes :
Bureaux d’études mettant en œuvre les méthodes de bioindication diatomiques et Chercheurs développant les méthodes de métabarcoding diatomées.
Connaissances :
- connaissances en comptabilité environnementale et carbone,
- connaissance de la bioindication et des protocoles associés (préparation des échantillons pour la microscopie),
- connaissances en biologie moléculaire (si possible protocoles de métabarcoding : extraction ADN, amplification barcode, séquençage haut débit, traitements bio-informatiques).
Savoir-faire opérationnel :
- savoir rassembler et analyser des données,
- savoir réaliser une analyse et une synthèse de publications techniques et d'articles scientifiques (dont la plupart sont en anglais),
- savoir concevoir et mener des enquêtes, des protocoles expérimentaux,
- savoir rédiger.
Savoir-être professionnel :
- Esprit d’initiative et d’autonomie ;
- Qualités relationnelles ;
- Rigueur et sens de l’organisation
Diplômes – Formation – Expérience :
- Etudiant en Master (M1, M2), en école d’ingénieur (4e ou 5e année), en 3e années d’IUT ou de Licence Pro, ou en césure.
- Spécialité : biologie moléculaire, hydrobiologie, génie biologique, génomique, environnement, etc.
Autres (si pertinent) :
- Permis de conduire (optionnel)
- Anglais écrit (scientifique)
- Informatique, bureautique
Déplacements à prévoir sur le terrain et dans des laboratoires, notamment Thonon-les-Bains et Toulouse.
Pour déposer une candidature, les documents suivants vous seront demandés :
